Con la firma del acuerdo en el punto de las víctimas, el Gobierno Nacional y las FARC determinaron también un importantísimo acuerdo, en lo que tiene que ver con la justicia transicional; la manera en que los guerrilleros se someterán a sanciones, repararán a sus víctimas y garantizarán la no repetición. 

La primera división para el pago de estas sanciones se dividen en tres: quienes no reconozcan la verdad y su responsabilidad tendrán penas privativas de la libertad entre 15 y 20 años, quienes reconzcan la verdad y la responsabilidad de manera tardía, pero antes de la sentencia, pagarán penas de 5 a 8 años. 

Pero quienes reconozcan "de entrada la responsabilidad y acudan a la reparación" tendrán "sanciones propias de la jurisdicción". 

"Seamos claros: hemos dicho siempre que no habrá prisión en estos casos. En su lugar, habrá una restricción efectiva, que significa que haya mecanismos idóneos de monitoreo y supervisión para garantizar el cumplimiento de buena fe de las restricciones ordenadas por el tribunal", precisó De La Calle. 

El jefe de la delegación del Gobierno aclaró que "no hay lugar a aplicar amnistías a delitos como: genocidio, graves crímenes de guerra, toma de rehenes u otra privación grave de la libertad, tortura, ejecuciones extrajudiciales, desaparición forzada, acceso carnal y violencia sexual, sustracción de menores, desplazamiento forzado, reclutamiento de menores de acuerdo al Estatuto de Roma. Obviamente, tampoco serán amnistiados los delitos comunes".

A los delitos que sí se les aplicará amnistía e indulto será a los delitos políticos y conexos.

En su declaración, Humberto de la Calle aseguró que el régimen especial de sanciones toma en consideración a agentes del Estado, en especial militares y policías. Para ellos, "el Estado desarollará un régimen especial, simultáneo, equilibrado y equitativo. Y en cuanto a terceros no combatientes, que hayan contribuido de manera determinante o habitual al cual, al apoyo de acciones criminales, el sistema prevé soluciones igualmente equilibradas".  
 
"No se pondrá en marcha un esquema de persecución y venganza. No habrá cacería de brujas", enfatizó De La Calle.
  
El Tribunal contará con magistrados de las más altas calidades, expertos en distintas ramas del derecho. El proceso de selección será transparente, brindará toda la confianza a la sociedad.  Los magistrados no serán nombrados como suele decirse en Colombia “a dedo”. En efecto se ha acordado que no podrán ser elegidos directamente por las partes en la Mesa de Conversaciones.